El Instituto de Estudios Madrileños está organizado como previene la legislación vigente en una corporación privada, al amparo de lo que establecen las distintas leyes del Estado y la Comunidad de Madrid, de la que depende su tutela y supervisión. Los instrumentos con los que cuenta para cumplir los fines fundacionales son sus dos órganos de gobierno, la Junta General y la Junta Directiva.
La Junta General es el órgano supremo de gobierno del Instituto, y está integrado por todos los Miembros honorarios y numerarios. La reunión de la Junta General se celebra, al menos, una vez al año, mediante juntas ordinarias y extraordinarias, como previenen sus Estatutos. Sus competencias son la admisión de los nuevos miembros, mediante cooptación, y su nombramiento posterior, la elección de su Junta Directiva y sus cargos, el establecimiento de las líneas generales de la actuación del Instituto de conformidad a sus fines generales, las aprobación de la memoria anual de gestión y la liquidación de sus presupuestos económicos, y, en general, todas aquellas acciones que resulten adecuadas para la consecución de sus fines, de acuerdo a la legislación vigente y a los Estatutos de funcionamiento del propio Instituto.
La Junta de Directiva es el órgano de representación y de gobierno del Instituto. Actúa siempre por delegación de la Junta General y representa al Instituto de acuerdo a las disposiciones de dicha Junta. Está constituida por un Presidente -y en su caso un Vicepresidente-, un Secretario General -y en su caso un Vicesecretario-, un Administrador y cinco Vocales. La Junta Directiva cuenta como vocales natos a todos aquellos miembros del Instituto que hayan desempeñado el cargo de Presidente. Las funciones de cada uno de los cargos del Instituto están establecidas en sus Estatutos; la aprobación de su gestión queda siempre a merced de lo que determine la Junta General.
El Instituto de Estudios Madfrileños ha recibido una subvención de 35.000 € del Ayuntamiento de Madrid para la investigación y difusión de la Historia de Madrid
